Początki nie były łatwe

Budowanie nowej katedry utrudniał fakt, iż w uczelni nie było odpowiednich kandydatów mogących prowadzić wykłady z literatury polskiej. Toteż po roku działalności Muszyńskiego (który zrezygnował z powodu obniżenia pensji profesorskiej) katedrę powierzono młodemu Marcinowi Fijałkowskiemu, nauczycielowi Szkół Nowodworskich. Fijałkowski, choć dobry dydaktyk nie był jednak postacią wybitną. Jego wykłady nie cieszyły się zbytnią popularnością. Krytykowano go ze wszystkich stron, studentów miał mało. A jedyną zasługą jego było to, iż w ogóle był i że wykładał po polsku. Katedra wegetowała. Tymczasem w wyniku kolejnych rozbiorów Austriacy zajęli Kraków i wykorzystując przejście Fijałkowskiego na emeryturę w roku 1802 zawiesili działalność niewygodnej dla nich "polonistycznej" katedry intensyfikując proces germanizacji całej uczelni. Sytuacja uległa zmianie dopiero w lipcu 1809 roku, gdy do rakowa wkroczyła polska armia ks. Józefa Poniatowskiego. Uczelnia zaczęła odżywać w myśl dawnych wzorów reformy Kołłątajowskiej.